甲社（国外に支店等は有していない。）は当期中に次の取引に基づき特許権使用料を支払っているが、この取引に係る甲社の消費税の取扱いを説明しなさい。
【甲社が行った取引】
甲社（課税事業者に該当する。）は、外国法人A社と特許権の相互使用契約（クロスライセンス契約）を締結し、甲社がA社に支払うべきA社所有の特許権使用料の金額から、A社が甲社に支払うべき甲社所有の特許権使用料の金額500,000円を相殺した差額（416,000円）を支払っている。
甲社所有の特許権は甲社が日本で登録しているものであり、A社所有の特許権はA社が日本と中国で登録しているものである。